1、这是个人类同口袋妖怪一同生活的世界，有无数的人梦想成为杰出的口袋妖怪训练员，我们的主角也是其中之一。而且，他有着不输给任何人的信念这里是マサラ小镇，虽然宁静，但却非常的小，故事就从这个小镇开始。我们的主角是拥有雄心壮志的小孩，怎么可能甘愿呆在自己的小屋里打fc？男子汉就应该到外面去闯闯嘛。不过出门之前，先从电脑里把小恢复的药（キズぐすり）拿出来。“喂，小孩，小心草丛！”主角刚想离开村子进入草丛，便听到背后有人喊叫。原来是这个镇上的名人——オーキド博士，他可是口袋妖怪的专家。
2、“草丛里生活着口袋妖怪，你打扰了它们的生活。自己身边没有口袋妖怪保护是很危险的。跟我来吧。”于是，博士便把一无所知的主角带到了他的研究所。研究所里，博士的孙子，也是主角的劲敌在等待着博士给他口袋妖怪。再博士交代几句之后，便让主角先从三个小妖怪中挑选一个。待主角拿定注意之后，博士的孙子也会挑选一个，当然是克制主角属性的那一只。
3、好了，终于有了自己的小妖怪的，呵呵。主角等不及想要开始自己的冒险，然而还没有走出研究所，劲敌就已经下了战书。“我们先来战斗一次看看吧”盛情难却啊，打就打吧。博士的孙子可是很厉害的，要不怎么配当劲敌呢。虽然他的小妖怪是克自己属性的，不够好在一开始没有相应属性的攻击技能，火拼应该拼的过他，再说我们还有药呢。
4、终于还是主角还是赢了，告别了博士和母亲之后，主角离开了小镇踏入草丛之中。果然和博士说的一样，在草丛中隐匿了和多小妖怪，时不时的出来袭击主角。好在它们的等级都很低，应该没问题。
5、快的就来到了トキワ村，虽然也是小村落，但是比故乡可是要大很多。二话不说，先到口袋妖怪中心（pc）中去恢复一下，然后就开始办正事吧。来到shop，看来店长已经在等主角了，他给了主角おとどけもの要主角带回去给博士。赶紧回去给博士，博士也不给主角吃亏，给了主角口袋图鉴，以后就可以用图鉴查找看到过的小妖怪了。同时5个妖怪球到手，这就意味着可以抓野生的小妖怪了。谢别博士后主角继续自己的冒险旅程。在回トキワ村前先去自己家隔壁，也就是劲敌的家里，女主人会给主角地图，方便了许多。